Rejstříkový soud usnesením návrh na zápis odmítne, jestliže byl podán osobou, která k návrhu není oprávněna, nebyl podán předepsaným způsobem, neobsahuje všechny předepsané náležitosti, je nesrozumitelný nebo neurčitý, nebyly k němu připojeny listiny, jimiž mají být podle tohoto nebo jiného zákona doloženy údaje o zapisovaných skutečnostech, nebo účel zakládané právnické osoby je v rozporu s ustanovením § 145 OZ (§ 86 ZVR). Rejstříkový soud vydá ve lhůtě 3 pracovních dnů ode dne doručení návrhu soudu usnesení, kterým vyzve navrhovatele k odstranění vad návrhu nebo k doplnění chybějících listin. Lhůta k provedení zápisu počíná běžet dnem následujícím po dni, kdy bylo rejstříkovému soudu doručeno podání, jímž byly vady odstraněny nebo listiny doplněny (§ 88 ZVR).
Pokud nebyl návrh na zápis odmítnut, rejstříkový soud zkoumá, zda údaje o skutečnostech, které se do spolkového rejstříku zapisují, vyplývají z listin, které mají být k návrhu doloženy, a zda případné navrhované jméno není zaměnitelné s jiným již existujícím zapsaným jménem, popřípadě není-li klamavé. Rejstříkový soud také zkoumá, zda provedení zápisu nebrání probíhající trestní stíhání proti právnické osobě nebo výkon trestu, který jí byl uložen podle zákona upravujícího trestní odpovědnost právnických osob a řízení proti nim (§ 90 ZVR).
Rejstříkový soud provede zápis nebo rozhodne o návrhu usnesením ve lhůtě stanovené jiným zákonem, jinak nejpozději do 5 pracovních dnů (§ 96 ZVR). Lhůta běží ode dne podání návrhu. Byl-li však soudní poplatek za návrh zaplacen až v průběhu řízení nebo došlo-li ke změně návrhu, běží lhůta až ode dne zaplacení soudního poplatku nebo ode dne, kdy rejstříkovému soudu došel změněný návrh (§ 97 ZVR). Pokud rejstříkový soud neprovede zápis ani o návrhu nerozhodne v příslušné lhůtě, považuje se navrhovaný zápis za provedený dnem následujícím po uplynutí této lhůty. To neplatí, byl-li před uplynutím této lhůty návrh vzat účinně zpět. Rejstříkový soud promítne zápis do 2 pracovních dnů ode dne, kdy se takový zápis považuje za provedený (§ 98 ZVR). Rejstříkový soud vyrozumí účastníky o provedení zasláním výpisu z veřejného rejstříku obsahujícího tento zápis. Vyrozumění zašle rejstříkový soud také osobám, které se zapisují podle jiného zákona v rámci zápisu zapsané osoby. Výpis musí být odeslán nejpozději do 3 dnů od zápisu (§ 102 ZVR).